Боевые библиотекари, написанные Yamagata Ishio и Shigeki Maeshima, рассказывают о мире, где умершие люди превращаются в «Книги» и хранятся в библиотеке. Главный герой, мальчик по имени Колио Тонис, лишён памяти, а в грудь ему имплантировали бомбу. Его задача — убить Хамюцу Месету, самого сильного Боевого Библиотаря. В начале повествования Колио находится в сложном положении: он лишён воспоминаний и вынужден жить с целью, навязанной извне. Когда ему в руки попадает «Книга» прекрасной принцессы, он ощущает чувства, которых раньше не испытывал, и это меняет его взгляды и мотивацию.

Событие с книгой запускает развитие сюжета и заставляет Колио пересмотреть свои приоритеты. Его изначальная миссия идёт в конфликт с новыми чувствами и возникающими внутренними сомнениями. Главная проблема героя связана с тем, что прежняя цель — уничтожение Хамюцу — становится для него одновременно долгом и препятствием, учитывая его растущее сострадание и привязанность. На пути к выполнению задачи Колио сталкивается с многочисленными испытаниями, требующими напряжённой борьбы и осознания своей роли в происходящих событиях....