Фонд SCP в мире Марвел — это история, в которой главный герой Адам оказывается в мире Марвел без каких-либо особых способностей. Его жизнь меняется, когда активируется система популяризации фонда SCP. Эта система позволяет вызывать объекты содержания фонда в мир Марвел и получать способности этих существ вместе с различными наградами. События происходят на фоне того, что мир Марвел приходит в состояние хаоса и нестабильности. Персонажи, такие как Халк и Ник Фьюри, сталкиваются с аномальными и опасными существами, включая бессмертную рептилию и многокрылого ангела, вызов которых приводит к серьёзным потрясениям.

Ник Фьюри выражает обеспокоенность масштабом происходящего, отмечая угрозу, которую представляют новые силы и объекты фонда. Главная проблема связана с адаптацией к новому миру, где присутствие аномалий изменяет привычный порядок вещей. Героям приходится принимать решения о взаимодействии с этими аномалиями и справляться с возникающими угрозами. Сюжет сфокусирован на развитии взаимодействия между миром Марвел и фондом SCP, отражая конфликт между обычными и сверхъестественными элементами, а также на том, как это влияет на положение главных персонажей.