Марвел: Система ведения дневников начинается с того, что главный герой Алекс оказывается в мире Marvel и получает доступ к системе ведения дневников. Эта система позволяет создавать записи, в которые при условии, что владелец дневника поверит написанному, можно получить мощные способности. Алекс начинает формировать свою личность как супергероя, стараясь сделать её максимально правдоподобной и вызвать доверие у других персонажей, среди которых известные герои, такие как Тони Старк, Локи, Тор, Стив Роджерс и Ванда. Сюжет развивается вокруг того, как Алекс взаимодействует с этими героями, сталкивается с их сомнениями и необычными ситуациями: например, Тони не может поверить, что пережил нападение с луной, Локи озадачен своим отношением к самому себе, а Тор узнает о будущей дочери, которая ему не родная. Одновременно Алекс работает над увеличением доверия к своей личности, что становится ключевым для получения новых сил и возможностей.

Главные конфликты связаны с необходимостью убедить других героев в подлинности своей роли и неизбежными подозрениями, которые порождают напряжённые ситуации. Алекс вынужден тщательно продумывать свои действия и записи, чтобы сохранить обман и при этом не вызвать недоверия. Развитие событий требует от него принимать решения в условиях постоянной опасности и неопределённости, что влияет на ход истории и отношения с центральными персонажами. Основной конфликт строится на противостоянии между созданной личностью и реальностью мира Marvel, где вера в дневник определяет силу героя.