Марвел: Система Выбора Карт Мутантов рассказывает о молодом человеке по имени Рой, который оказывается в мире Marvel, где нет мутантов. В этом новом мире Рой получает уникальную возможность — Систему Выбора Карт Мутантов, которая позволяет ему загружать карты легендарных мутантов, переносить их способности и использовать их силу. Каждая карта дает ему полный спектр умений и особенностей известного персонажа из другого мира, включая таких мутантов, как Профессор Икс, Магнето, Феникс и Легион, а также даже более могущественных персонажей, например Франклина Ричардса.

Изначально Рой действует осторожно, стараясь оставаться незаметным и используя новые способности для выживания и личного роста. Однако с развитием сюжета жизнь главного героя меняется. Он сталкивается с серьезными противниками, включая таких известных персонажей, как Тор, Доктор Стрэндж и даже Бейондер. Несмотря на пытливость и опасения окружающих, пытающихся понять природу новой силы, Рой постепенно выстраивает новую эру мутантов в этом мире. Вместо того чтобы просто выживать, он начинает активно переписывать правила существования, меняя привычный порядок вещей и условий, в которых действуют герои и боги....