Марвел: Вторжение На Небеса повествует о путешествии Эндрю по миру американских комиксов, в котором смешиваются мировоззрения Марвел и DC. В этом мире постоянно появляются различные злодеи, создавая атмосферу ужаса, однако сам Эндрю сохраняет спокойствие. Благодаря пробуждённой им «Системе вторжения на Небеса» он может случайным образом выбирать уроженцев этого мира и отправляться сражаться в другие миры. Эта система предоставляет ему возможность получать значительно увеличенные награды, которые обычные супергерои обычно получают в своем мире.

Главный герой сталкивается с изменениями, происходящими с ключевыми персонажами американских комиксов: Железный Человек заражается Т-вирусом и переживает эволюцию тела; Тор вооружается двенадцатью талисманами и входит в состояние вечного короля рун; Капитан Америка начинает революцию в морском мире, отстаивая права человека. Среди важных фигур возникает и Танос, выражающий сомнение в методах достижения мира, а также другие персонажи, включая Алую Ведьму и Гвен, ставшую человеком-пауком....