Наруто : Игрок с Шаринганом рассказывает о мальчике по имени Кёске, который перерождается в мире Наруто в теле пятилетнего ребёнка из клана Учиха. Этот клан обречён на трагедию, известную как ночь крови. Вместе с новым телом в сознании Кёске появляется система, предоставляющая ему уровни, навыки и доступ к подземельям, что обещает силу и развитие. Однако использование этой системы связано с опасностью и риском для жизни.

Кёске быстро становится признанным гением из-за раннего пробуждения Шарингана — особой способности его клана. Он встречается с высоким давлением со стороны старейшин и других сильных ниндзя, таких как Какаши Хатакэ. Главный герой оказывается в сложной ситуации, где ему приходится плести интриги и скрытно накапливать силы, чтобы попытаться изменить предначертанную судьбу и избежать трагедии своего клана. В ходе развития сюжета Кёске сталкивается с опасными врагами и серьёзными испытаниями....