Перерождение в Черном Клевере рассказывает о молодом человеке, который достиг всего, что хотел в своей прежней жизни, и теперь готов спокойно уйти из этого мира. Его желание — начать новую жизнь, переродившись в своем любимом аниме. Когда его мечта сбывается, герой оказывается в незнакомом мире, который сочетает в себе элементы боевика, комедии, романтики, сэйнэна и фэнтези. Перед ним открываются новые возможности и одновременно появляются неизвестные вызовы.

В новой реальности ему предстоит разобраться с возникающими трудностями, столкнуться с противоречиями и проблемами, которые обычно сопровождают жизнь в фантастических мирах. Сюжет развивается вокруг попыток героя освоиться в новом окружении и найти свое место в жизни, где ключевой вопрос — как справиться с новыми обстоятельствами и принять важные решения, определяющие его дальнейший путь. В процессе событий он сталкивается с внутренними и внешними конфликтами, которые требуют от него активных действий и выбора. Развитие сюжета сохраняет баланс между напряженными моментами и комедийными ситуациями, а также включает романтические линии, характерные для жанра сэйнэн и фэнтези.