Плод Эволюции рассказывает о Хиираги Сейичи, который живёт в школе, где его постоянно дразнят из-за внешности и неприятного запаха. Он страдает от издевательств и одиночества, не имея друзей и поддержки. Внезапно после одного из школьных дней через динамики раздаётся голос Бога, который сообщает о предстоящем перемещении всех учеников в другой мир. Этот новый мир устроен по принципам игры: здесь есть уровни, характеристики и навыки. Все классы готовятся вместе к переходу, но Сейичи, будучи одиночкой, оказывается перемещён в отдельное место. После перемещения его первой едой становится загадочный «Плод эволюции», который значительно влияет на его жизнь.

Основные события разворачиваются вокруг адаптации Сейичи к новому миру, где он сталкивается с необходимостью развивать свои способности и преодолевать трудности выживания. Новый мир представляет собой место с различными опасностями и испытаниями, где герой должен осваивать навыки и обретать силу, чтобы справляться с угрозами. Сейичи использует предоставленные возможности для роста, хотя сталкивается с болью и сложностями, связанными с эволюцией. Его положение осложняется тем, что он не обладает поддержкой и вынужден учиться самостоятельно....