Просыпаюсь как Космический Корабль!? А что теперь делать Девушке с Корабля?! рассказывает о девушке, которая неожиданно проснулась и обнаружила, что превратилась в космический корабль. Она оказалась сломанным судном, застрявшим в глубинах космоса, при этом внутри неё находился скелет прежнего капитана. Главная героиня сталкивается с новой реальностью, пытаясь понять свою сущность и возможности в этой непривычной форме. Её исходное положение осложнено ограниченностью ресурсов и отсутствием явной связи с внешним миром. Событие, изменившее всё, — её собственное пробуждение в образе корабля и внезапное осознание собственной идентичности, которое запускает развитие сюжета.

В дальнейшем героиня начинает исследовать себя, пытаясь разобраться как устроен её новый облик и какие функции она может выполнять. Появление прообраза капитана в виде скелета усиливает ощущение одиночества и неопределённости. Главной проблемой становится необходимость найти способ выживания и взаимодействия с окружающим пространством, несмотря на технические неисправности и ограниченные возможности движения. В условиях пустоты космоса героиня вынуждена принимать решения, связанные с ремонтом и освоением своего нового тела, а также с попытками наладить контакт с внешним миром, несмотря на изоляцию....