«Шестая зона» — это история о мальчике по имени Сион, который живет в самой престижной и благополучной части разделенного на шесть зон мира. Эта область представлена как идеальный и комфортный район, где могут развиваться гениальные личности, и жизнь идет в условиях полной защищенности и изобилия. Семья Сиона пользуется всеми преимуществами цивилизации, не обращая внимания на происходящее за пределами их зоны. Сюжет меняется, когда к Сиону в комнату неожиданно проникает молодой человек, который находится в бегах от властей. Вместо того чтобы выдать его, Сион решает укрыть беглеца. Этот поступок резко меняет судьбу Сиона и его семьи — их выселяют из элитного района, лишая прежнего статуса и причисляя к рабочему классу, что становится большим испытанием для них.

После переезда жизнь Сиона начинает постепенно налаживаться, но через многие годы он сталкивается с убийством загадочного человека. Попытки разобраться в этом деле приводят к тому, что власти начинают преследовать Сиона, считая его угрозой из-за чрезмерного любопытства. В этот критический момент в его жизнь вновь вмешивается беглец, с которым у Сиона сложились непростые отношения с самого начала. Развертывающийся конфликт ставит под сомнение безопасность и свободу главного героя....