Цель Эйджи — усилиться, чтобы спасти свой родной мир, пострадавший от катастрофы под названием «Хонкай», а также помочь красивым девушкам, таким как Киана, Май, Броня, Рита и другим, судьбы которых в оригинальных историях были трагичны. Его решимость спасать их всех становится движущей силой сюжета.

Сначала все идет гладко: герой успешно получает награды и меняет ход событий в других вселенных. Однако вскоре он замечает, что с героинями что-то не так. Например, Лала Саталин Девилюк, которая по сюжету должна была быть помолвлена с главным героем, неожиданно становится невестой самого Эйджи. Сона Ситри внезапно вызывает его в офис студенческого совета с предложением заключить сделку. Риас Гремори, вместо того чтобы просить главного героя помочь ей с политически мотивированным браком, приходит к Эйджи напрямую.

Что еще более удивительно — многие героини, включая Котегаву Юи, Сайренджи Харуну, Акено Химэджиму, Куроку, Серафолл Левиафан, Грейфию Люцифургу, Сакурадзиму Маи, Аи Хосино и Касумигаоку Утаху, неожиданно начинают отвергать своих оригинальных главных героев и проявляют интерес именно к Эйджи. Некоторые из них даже идут на предательство их прежних отношений. Для Эйджи это становится полной неожиданностью и вызывает сильное замешательство.

Постепенно Эйджи осознает причину такого странного поведения — все дело в его способности внутреннего голоса, который влияет на восприятие героинь и меняет их отношение к событиям и персонажам. Эта сила становится и благословением, и испытанием для героя, открывая перед ним новые возможности и создавая сложные ситуации.

Сюжет развивается вокруг попыток Эйджи разобраться в происходящем, укрепить свои силы и понять, как использовать свой внутренний голос, чтобы изменить судьбы героинь и своего нового мира. На этом пути он сталкивается с множеством вызовов, интриг и романтических перипетий в мире, где реальность сплетается со знакомыми аниме-сюжетами и игровыми механиками.

«Внутренний голос: Все героини слышат мой внутренний голос» — это история о поисках силы и смысла в новом мире, где внутренние мысли могут становиться оружием, а взаимоотношения с окружающими — ключом к спасению и самому себе.