Звёздный флот: Девушки попросили меня стать капитаном описывает время, когда человечество освоило космос, создав огромные звездные флотилии и совершая путешествия между планетами. В центре повествования — Ван Тэн, обычный молодой человек, который мечтал о спокойной жизни, но внезапно оказался вовлечён в события гораздо более масштабные, чем он мог представить. Из-за ряда случайных обстоятельств он получает звание капитана и оказывается во главе космического корабля. Вместе с ним на борту находятся несколько девушек из боевого отряда, чьи умения и характеры создают непростую, но динамичную команду. Помогает и загадочная Система, которая предлагает поддержку в решении различных задач.

Главный герой сталкивается с необходимостью управлять кораблём и экипажем, участвовать в гонке за ресурсами и поддерживать безопасность в условиях постоянных угроз со стороны других флотилий и внешних врагов. Ван Тэну приходится адаптироваться к новым обязанностям, принимать решения, связанные с командованием и стратегией, и справляться с вызовами, которые меняют его прежнее представление о жизни. Обстановка наполнена конфликтами между силами, соперничеством и необходимостью выживать в условиях бесконечных космических войн и непредсказуемых ситуаций. Постепенно герой осознаёт, что его роль в этих событиях важна, и от его действий зависит не только судьба собственного экипажа, но и будущее всей флотилии.