Блич: Алхимик Смерти рассказывает о мире Сейрейтэй, где силу духа рассматривают как главный критерий ранга и права на существование. В этом мире аристократы, выросшие в сияющих залах, обладают властью, которая передаётся с каждым вдохом, в то время как жители нищенского района Руконгай вынуждены с трудом бороться за возможность выбраться из бедности и приблизиться к богам смерти. Главным героем является Амакава Ичиро, шестидесятилетний новичок Академии Синигами, который уже пережил две жизни и дважды умер. В первой жизни он был простым офисным работником, а во второй — государственным алхимиком, столкнувшимся с трудностями и этическими вопросами своего ремесла. Его появление в новом мире сопровождается пробуждением забытого искусства алхимии, включающего работу с духовными частицами и взаимодействие с рейацу — духовной энергией. Эта уникальная способность позволяет Ичиро стать духовным алхимиком, способным изменять принятые границы реальности.

События начинают разворачиваться с момента, когда Ичиро становится студентом Академии, где ему предстоит войти в сложную систему взаимоотношений и столкнуться с вызовами, которые предъявляет суровый мир Сейрейтэй. В ходе развития сюжета он сталкивается с необходимостью выбора между традиционными способами боевого мастерства, основанными на занпакто, и новыми методами алхимии духовных частиц. Ичиро вынужден преодолевать внутренние и внешние препятствия, связанные с дефицитом времени, сложностью обучения и требованием постоянно повышать уровень своего рейацу. Основной конфликт строится вокруг борьбы за признание и выживание в условиях, где сила духа напрямую влияет на статус и возможности, а также внутреннего противостояния между традиционными представлениями о силе и новыми технологиями алхимии. Принятые решения и развитие навыков духовного алхимика оказывают значительное влияние на его положение и шансы изменить привычный порядок в мире шинигами.