Лучшая крыса в мире ниндзя! рассказывает о мужчине из другого мира, который неожиданно погибает и вселяется в тело Наруто в детстве. Этот главный герой оказывается в знакомом, но в то же время полном враждебности мире ниндзя. Он сталкивается с холодным отношением окружающих, которые смотрят на него с ненавистью и настороженностью. В таких условиях он пытается сохранить в себе взрослое мышление и не поддаваться эмоциям, несмотря на постоянное давление и изоляцию.

Главный герой оказывается в ситуации, где ему приходится бороться не только за признание и выживание, но и за возможность изменить собственную судьбу. Для этого он использует уникальную систему, которая помогает ему развивать свои навыки и силу. В процессе развития сюжета он преодолевает трудности, связанные с дискриминацией и недоверием, и принимает решения, направленные на отпор врагам и восстановление справедливости по отношению к себе. Основной конфликт связан с внутренним и внешним противостоянием, где герою предстоит найти баланс между выживанием в жестоком мире и сохранением собственной идентичности.