Marvel: Играйте за Наруто в самом начале рассказывает о Ву Чэне, который неожиданно оказывается в мире Марвел и получает доступ к особой актерской системе. Эта система позволяет ему играть за известных персонажей из мира Наруто, и чем больше он реализует роли оригинальных героев, тем больше сил получает сам Ву Чэнь. В числе таких персонажей фигурируют Четвертый Хокаге, Шесть Путей Пейна, Учиха Мадара и Мудрец Шести Путей.

Главный герой оказывается в необычном положении, совмещая знания и способности персонажей Наруто с опасностями и реалиями вселенной Марвел. Его появление и действия вызывают реакцию различных групп и персонажей, таких как организация Гидра, которая с удивлением воспринимает наличие скрытых сил в деревне Коноха. Штаб Щ.И.Т. оценивает угрозу, соотнося её с уже известными мировым государствам опасностями, а Танос выражает интерес к мощи Мудреца Шести Путей и предлагает проверить его силу в противостоянии....