Марвел: Супермен начинает с Академии Мутантов рассказывает о Лари, молодом студенте Академии мутантов, который оказался в сложном и опасном мире. Накануне важного конфликта — третьей битвы Людей Икс — он пытается освоиться в непростой обстановке, полной угроз и напряжённости. Лари осознаёт, что вокруг него происходят масштабные события: разрушительные противостояния с могущественными мутантами, такими как Магнето, грядут нашествия инопланетян и злых богов, а также таится опасность в виде секретного плана по уничтожению всех мутантов. Кроме того, неподалёку находится Темный Властелин Вселенной, готовящийся к вторжению, а вскоре на сцену выходит Танос с целью контроля над рождаемостью во Вселенной.

Главный герой сталкивается с необходимостью не только развивать свои способности и учиться контролировать силу, но и готовиться к неизбежным битвам, которые затронут не только мутантов, но и весь мир. Несмотря на присутствие известных супергероев, таких как Халк и Железный человек, конфликты грозят огромными потерями среди обычных людей. В такой ситуации Лари стремится вырасти до уровня Великого Супермена — сильного и влиятельного героя, способного противостоять надвигающимся угрозам. Он провёл значительное время, поглощая солнечную энергию и развивая свои способности, чтобы быть готовым к испытаниям....