МГА: Песок повествует о Хисоке Хигаваре, который с трудом понимает окружающих, но быстро учится адаптироваться к новым условиям. Его жизнь меняется после знакомства с девочкой по имени Нанами. Центральной особенностью главного героя является его причуда — способность манипулировать песком, что оказывает существенное влияние на развитие событий. Хисока оказывается в ситуации, где ему предстоит освоить свои способности и научиться применять их в различных испытаниях и конфликтах. Взаимоотношения с Нанами становятся важной частью его жизни, предоставляя опору и мотивацию для дальнейших действий.

В процессе повествования возникают трудности, связанные с пониманием себя и других, а также использование причуды в боевых и мистических обстоятельствах. Хисоке приходится принимать решения, которые влияют на его окружение и личное будущее. События разворачиваются в жанрах боевика, боевых искусств, героического фэнтези, мистики, приключений, фантастики и фэнтези, что создает разнообразный контекст для борьбы и роста героя. В основе сюжета лежит противостояние сложностям, освоение новых навыков и поиск своего места в мире, в котором способности играют важную роль.