Наруто : Бедствие ветра начинается с того, что главный герой — молодой человек — неожиданно оказывается в мире ниндзя, переродившись в теле гражданской сироты. В процессе трансмиграции в нем пробуждается чакра, что дает возможность освоить техники ниндзя и участвовать в событиях нового мира. Изначально он находится в приюте и пытается понять свои силы, а также возможности, которые предоставляет уникальное положение. Сюжет развивается по мере того, как герой тренируется, изучает различные виды боевых искусств и развивает способности, связанные с природой ветра и чакрой.

Его путь сопровождается столкновениями с трудностями, необходимостью совершенствовать навыки и адаптироваться к новому окружению, где он должен уметь не только сражаться, но и выстраивать отношения, учитывать особенности мира ниндзя. Процесс освоения техники, а также борьба за выживание и признание формируют основу основных конфликтов, которые требуют от героя постоянного роста и принятия важных решений. В ходе тренировок и испытаний он постепенно стабилизируется в незнакомой обстановке, обретая новые силы и опыт, что подталкивает его к достижению цели — стать сильнейшим в этом мире. Приключения, бытовые моменты, мистические явления и элементы юмора органично сочетаются в повествовании, создавая широкую картину жизни и развития главного героя в сложной и меняющейся среде ниндзя.