Наруто: Я – Ширануи Генма и я мастер печатей! рассказывает о мальчике по имени Ширануи Генма, который просыпается в теле юного шиноби в послевоенный период. Его новая жизнь начинается после окончания Второй Мировой Войны Шиноби, когда в Конохе наступила кратковременная передышка. Генма понимает, что грядёт Новый масштабный конфликт, и чтобы выжить в будущих сражениях, ему предстоит пройти путь от ученика академии до опытного ниндзя.

Исходно Генма сталкивается с необходимостью быстро освоить навыки, которые помогут ему стать мастером печатей — редкой и ценной профессии в мире шиноби. Его поддержку составляют дневник отца, оставшийся после погибшего Ширануи Гёкена, и учитель Сарутоби Эно, который берёт мальчика в ученики и начинает обучать его созданию взрывных и других печатей. С помощью дневника Генма узнаёт о сложностях и трудностях прошлого, а также о целях, поставленных отцом....