Наруто: Информатор Учиха разворачивается в альтернативной версии событий, где Четвёртый Хокаге Минато выживает во время Восстания Девятихвостого. В этой реальности не происходит ночи истребления клана Учиха, а Обито заранее узнаёт о заговоре Мадары. Оба родителя Наруто остаются живы, а Саске растёт без отца с самого детства. В это же время Данзо приходит в безумие, и Третий Хокаге вынужден признать свою неспособность эффективно управлять деревней. На фоне этих событий Коноха избегает пути разрушения и постепенно объединяет весь мир ниндзя.

Главные персонажи оказываются вовлечены в серьёзные внутренние и внешние конфликты, связанны с сохранением мира и управлением силами внутри и вне деревни. В отсутствие кровавых столкновений с кланом Учиха и при наличии живых родителей главных героев выстраивается новая система отношений и власти. Минато, обладая уникальными способностями, сталкивается с вызовами, вызванными изменениями в политике и нестабильностью внутри клана Учиха и самого поселения....