Naruto: Корень тьмы — это повествование, где главный герой сталкивается с необычной ситуацией: после своей первой смерти ему предлагают шанс на новую жизнь. Он оказывается в мире, где царит смерть и опасность, окружённом монстрами. В таких условиях выживание становится главным приоритетом. Герою приходится адаптироваться к новым правилам и обстоятельствам, осознавая, что ему не стоит рассчитывать на помощь или милосердие.

Возможно, чтобы сохранить жизнь, ему придется принять тёмную сторону существования и стать подобным тем существам, которые представляют угрозу. В своей борьбе за выживание он сталкивается с вызовами и конфликтами, связанными с опасностями внешнего мира и внутренними сомнениями. Главный герой должен сделать сложный выбор между сохранением человечности и необходимостью приспособиться к новым суровым условиям. Таким образом, сюжет строится вокруг его пути в жестоком и непредсказуемом мире, где каждая миссия и каждое решение могут иметь свое значение для будущего.