Наруто: Легенда о Сенья рассказывает о мальчике по имени Сенья, который оказался в сложной и опасной ситуации. Он переродился в мире, где вместо обычных чудовищ существуют люди, превратившиеся в подобных им созданий. Его считают сыном предателя, поэтому многие в деревне относятся к нему с подозрением и презрением. Из-за этого положение Сеньи становится шатким, и он оказывается на грани серьёзных конфликтов и угроз. Вопреки всему, у него нет поддержки системы или особых сверхъестественных сил, только упорство и желание выжить. Главной надеждой для него становится овладение техникой Восьми Врат, которая способна значительно увеличить его боевые возможности, хоть и таит в себе опасности для здоровья и жизни.

По мере развития сюжета Сенья сталкивается с необходимостью выдерживать физические испытания, учиться контролировать мощь Восьми Врат и преодолевать внутренние и внешние препятствия. На его пути появляются враги и недоброжелатели, а отношения с окружающими остаются напряжёнными из-за тени, нависшей над его происхождением. В таких условиях он стремится совершенствовать свои боевые навыки и строить надежду на лучшие перспективы. Его борьба сосредоточена на выживании, тренировках и поиске собственного места в мире, где доверие и поддержка окружающих трудно достижимы. События показывают, что для Сеньи важным становится не только физическое развитие, но и сила характера, позволяющая справляться с опасностями и трудностями в сложном окружении. Его решения и усилия приводят к постепенному изменению положения, а ключевым остаётся выбор между сохранением себя и принятием рисков ради силы, способной повлиять на его судьбу.