Наруто: Мир Аватара рассказывает о событиях, в которых главные герои, Наруто и Саске, сражаются в конце долины. Во время этого боя Наруто колеблется, не решаясь нанести удар, и Саске использует это, пытаясь убить его. В результате Наруто погибает от руки своего друга, что становится началом необычного и непредсказуемого явления, удивительного даже для самого Мудреца Шестого Пути. После этого Наруто приходит в сознание в другом мире, где постоянные войны и конфликты стали обычным явлением, привычным и неотъемлемым, как еда и питье.

В новом мире Наруто сталкивается с жестокой реальностью, совсем отличной от того, к чему он привык. Здесь его наивность и невинность больше не помогают, так как выживают только сильные, а слабые становятся добычей и марионетками в более масштабных конфликтах. Осознание новых правил существования заставляет Наруто выбирать между сохранением прежних идеалов и необходимостью приспосабливаться к суровым условиям этого мира....