Наруто: Превосходство Сенджу рассказывает о человеке, который умер и воплотился заново в Айзена Сенджу. Он получил уникальные способности: метод развития тела мудреца, полное знание о Хаки и возможность путешествовать по мультивселенной. Кроме того, в результате генетических манипуляций он оказался наделён силой Мокутон. В новом мире главный герой сталкивается с внутренними трудностями и вызовами, пытаясь справиться со своими демонами и одновременно исследовать свои новые возможности.

Его путь включает поиск любви, борьбу за выживание и обретение силы, которой могут бояться даже божества. По ходу повествования он принимает важные решения, которые меняют его положение и влияют на окружающих, в том числе усыновляет маленькую девочку. В итоге герой стремится подняться к божественному уровню, став частью высшего совета Омни. Основное развитие сюжета связано с освоением новых способностей, противостоянием внутренним и внешним препятствиям, а также поиском своего места в меняющемся мире.