Наруто: Семейная система рассказывает о жизни Учихи Кайто, который уже пятнадцать лет живет в мире Наруто, но так и не смог пробудить в себе особые способности. С приближением ночи геноцида, когда до опасного события остается менее года, Кайто принимает решение сбежать. Однако в этот критический момент он непреднамеренно активирует систему, которая была бездействующей на протяжении всех этих лет и теперь связывает его с кланом Учиха. Система предполагает, что если клан будет процветать, Кайто станет непобедимым, а если клан погибнет, он исчезнет вместе с ним.

В связи с этим Кайто оказывается в ситуации, где его личное выживание и сила напрямую зависят от судьбы клана. Он ставит перед собой задачу вернуть величие и восстановить авторитет Учихи. Развитие сюжета происходит на фоне постоянных внутренне клановых конфликтов и угрозы внешних врагов, а также осознания главного героя необходимости принимать важные решения в непростой обстановке....