Наруто: Шесть путей семьи Сенджу повествует о Наваки, молодом представителе клана Сенджу, который переродился в период Второй мировой войны. Изначально он был обречён на гибель на поле боя, но после перерождения получил возможность изменить ход своей судьбы. Основным драйвером сюжета становится появление у него особой системы выбора, которая предлагает различные пути развития и награды за принятые решения. Эта система помогает главному герою развиваться, приобретать новые навыки и преодолевать трудности, связанные с опасной обстановкой. Наваки оказывается в мире, где смешиваются элементы боевых искусств, фантастики и постапокалиптической реальности.

Его задача — выжить и укрепить свои позиции, чтобы не повторить прежних ошибок и не погибнуть в предстоящей войне. В процессе он сталкивается с внешними конфликтами, которые включают войны между странами, и внутренними испытаниями, связанными с выбором пути и развитием способностей. Сюжет развивается вокруг борьбы за жизнь и силы на фоне масштабных сражений и политических противоречий, а решения главного героя во многом определяют его дальнейшее положение и возможности для борьбы. Главным конфликтом становится не только противостояние с врагами, но и необходимость правильного использования системы выбора, влияющей на судьбу Наваки и окружающего мира.