Наруто: Система Зоро рассказывает о Казанэ Хатакэ, который переродился в мире ниндзя и стал старшим сыном клана Хатакэ, а также старшим братом Какаши. В этом новом мире он владеет уникальными боевыми навыками и силой — легендарным Стилем Трех Мечей Зоро, способностями Восьми Врат и Хаки. Эта мощная комбинация позволяет ему выделяться среди обычных воинов и задаёт основу для его пути. Казанэ стоит перед вызовом сложной и опасной реальности, в которой бушует Третья Великая Война Шиноби. Мир окружён сильными противниками и непредсказуемыми бедствиями, которые могут уничтожить всё живое без предупреждения.

Начиная со статуса ученика в академии ниндзя, Казанэ быстро сталкивается с необходимостью совершенствовать свои навыки, чтобы выжить и защитить близких. Сила и мастерство, которые он постепенно обретает, становятся его главной опорой в мире, где слабость равна смерти. Столкновения с могущественными врагами, в том числе с легендарным Мадарой Шести Путей, который признаёт Казанэ своим равным, подталкивают героя к постоянному росту. Он раздвигает границы своих возможностей, овладевая техниками, которые выходят за пределы обычного понимания силы. Особое место в его арсенале занимает Стиль Трех Мечей, суть которого символически описывается через образ множества миров, которые не имеют ни начала, ни конца....