Наруто: Техника Десяти Теней Нара рассказывает о мальчике по имени Нара Джун, который оказался в мире Наруто и обнаружил в себе способность использовать Технику Десяти Теней клана Зенин. Эта техника принадлежит к числу особых и мощных боевых приемов, связанных с вызовом и управлением шикигами — мистическими существами, обладающими различными способностями. Главным событием, запускающим развитие сюжета, стало подчинение Нара Джуном Божественного генерала Махорага, сильнейшего шикигами, обладающего непредсказуемой силой. Обладая этой поддержкой, главный герой получает доступ к новым возможностям и начинает исследовать окружающий мир, анализируя его с помощью Махораги.

В процессе повествования Нара Джун встречает и приручает других шикигами, таких как Мадока, Бансё, Нуэ, Гончие и Кроли, что расширяет его боевой потенциал и помогает справляться с возникающими трудностями. Главной задачей героя становится совершенствование своих навыков и управление разнообразными техниками, включая новые методы призыва и защиты. Кроме того, Нара Джуну приходится решать проблемы, связанные с расходом чакры и ограничениями, которые накладывают способности шикигами, а также противостоять врагам, угрожающим его безопасности и стабильности....