Наруто: У меня есть Симулятор Жизни рассказывает о молодом ниндзя Учихе Акире, который переродился в опасное время перед ночной резнью в клане Учиха. Главный герой сталкивается с угрозой собственной смерти и необходимостью изменить неизбежную судьбу. В его распоряжении оказывается симулятор жизни, который позволяет переживать события снова и снова, изучать навыки и принимать решения, влияющие на развитие ситуации. Акира начинает с поступления в Академию ниндзя, где осваивает основы чакры и техники боя, постепенно накапливая опыт и силы. По мере приближения рокового события он сталкивается с выбором и противоречиями, которые требуют обдуманных решений для выживания себя и близких.

Проблема усугубляется присутствием грозного противника — Учихи Итачи, чьё появление знаменует начало трагедии. Каждый пройденный шаг и решённая задача влияют на возможность предотвратить повторение истории или хотя бы смягчить её последствия. В процессе главному герою приходится развивать боевые искусства, осваивать новые техники и укреплять связи с окружающими. Принимаемые им решения касаются сохранения полученных знаний, увеличения внутренней силы и пробуждения родословных способностей. Сюжет строится вокруг внутреннего и внешнего конфликта, стремления сохранить жизнь и изменить ход событий в условиях ограниченного времени и неизбежных испытаний, которые ждут впереди.