Наруто: Убей или будь убитым! создана в жанрах боевика, боевых искусств, приключений, сверхъестественного, триллера и фэнтези. В центре сюжета находится персонаж, который перевоплощается в мире аниме и стремится изменить развитие событий, улучшив известный сюжет. Однако его подход далек от благородства, поскольку он оказывается в мире, где главным правилом является выживание через убийство. В этом мире детей обучают с самого раннего возраста навыкам лишения жизни, и главный герой вынужден принять жесткие условия существования, где каждый либо убьет, либо будет убит.

Развитие событий начинается с того, что герой начинает активно развиваться в этом опасном окружении, сталкиваясь с необходимостью становиться сильнее и принимать трудные решения для сохранения жизни. Его путь полон конфликтов, связанных с необходимостью сражаться против других, развивать собственные способности и преодолевать внутренние и внешние препятствия в условиях жестокого мира ниндзя. Герой постоянно находится перед выборами, требующими решительности и готовности к насилию. Главной проблемой становится необходимость совмещать личные стремления с суровыми реалиями окружения, где понятия дружбы и благородства уступают место борьбе за выживание. В итоге сюжет фокусируется на том, как главный участник истории борется с окружающим миром и собственными убеждениями, пытаясь стать тем, кто не просто выживает, но и доминирует в условиях, где убийство — ключ к жизни.