Наруто : Ученик Мадары начинается с того, что главный герой Наруто погибает в Долине Завершения от руки своего лучшего друга Саске Учихи. После этого события Наруто возрождается благодаря Мадаре Учихе, который становится его наставником. Перед Наруто встает задача завершить план Глаза Луны. Это план, способный принести либо мир всему миру, либо смерть каждому, кто встанет на пути главного героя.

Исходное положение Наруто изменяется кардинально: он больше не обычный ниндзя, а ученик Мадары, обладающий новыми силами и возможностями. Сюжет развивается вокруг его борьбы с внутренними и внешними конфликтами, возникающими в результате возрождения и поставленных перед ним целей. Главный конфликт связан с выбором между достижением мира и разрушением мира ради реализации плана, при этом Наруто сталкивается с препятствиями в виде врагов и собственных сомнений....