Наруто: Восстановление Страны Водоворотов начинается с того, что главный герой, переродившийся в мире Наруто как член клана Узумаки, сталкивается с разрушением своей родной страны — Страны Водоворотов. Событие вызывает серьезные перемены и ставит перед героем сложную задачу по восстановлению утерянного дома. На его стороне активируется особая система розыгрыша карт, которая позволяет разблокировать пул карт серии Шинигами и среди первых выиграть членов группы Готей 13. С помощью этих ресурсов герой получает возможность строить и укреплять Сейрейтей в Стране Водоворотов, что становится основой для управления загробной жизнью мира шиноби.

В ходе событий главный герой наблюдает, как ситуация в Стране Водоворотов привлекает внимание крупных сил мира ниндзя, в том числе таких сильных игроков, как отряды Киригакуре и Конохи, а также загадочные самурайские воины, владеющие необычным ниндзюцу без использования чакры. Столкновение с мощной техникой и появление Семерых ниндзя-мечников оказывает давление на участников конфликта, выдвигая новые вызовы. Герою приходится принимать решение о формировании элитных отрядов и укреплении страны, чтобы выдержать натиск и обеспечить дальнейшее развитие. Развитие сюжета строится вокруг стратегической борьбы за сохранение страны, борьбы с внешними угрозами и расширения влияния через создание союзов и использование новых возможностей системы розыгрыша....