Последняя принцесса Водоворота — это повествование о девушке по имени Узумаки Кикуко, которая внезапно просыпается, обнаруживая, что она сестра-близнец известного Узумаки Наруто. Кикуко оказывается в мире шиноби, где ей предстоит пройти обучение в академии и выполнить свою первую миссию ранга С. Ее жизнь оказывается тесно связана с судьбой клана Узушиогакуре и одноимённого острова. После того как события складываются неблагоприятно, ей приходится бежать в единственное безопасное место — родной остров Узушиогакуре. Прибыв туда, она видит, что остров разрушен, и берет на себя задачу его восстановления.

Кикуко предстоит столкнуться с множеством трудностей, связанных с сохранением наследия и борьбой за будущее своего народа, ведь она является последней принцессой Узушиогакуре. Главным вызовом для нее становится не только обучение и выполнение миссий, но и необходимость преодолеть последствия разрушений, вернуть надежду и остановить угрозы, которые поставили под угрозу существование клана и самого острова. Девушка принимает важные решения, направленные на защиту своей земли и народа, держась на пути, который требует мужественности и стойкости. Основной конфликт строится вокруг борьбы за сохранение и возрождение Узушиогакуре в обстановке опасности и нестабильности, которая требует от главной героини мужества и решимости не потерпеть поражения.