«Сотня» Дзюн Мисаки рассказывает о мире, в который вторгаются неизвестные инопланетные существа, именуемые «дикарями». Эти существа открыто ведут войну против человечества, что заставляет людей создавать новое оружие — «Сотню», предназначенную для борьбы с агрессорами. Главный герой, Хаято Кисараги, стремится стать мастером боевых искусств и получить собственное оружие «Сотня». Для этого он поступает в военно-морскую академию под названием «Маленький Сад». В академии он встречает Эмилию Кроссфорд, девушку, которую раньше спас и которая становится его соседкой по комнате. Важный момент сюжета наступает сразу после церемонии поступления, когда Хаято вызывают на дуэль.

Его противником становится Клэр Харви, президент студенческого совета «Маленького Сада» и признанный сильнейший мастер боевых искусств. Эта встреча запускает развитие истории, в ходе которой Хаято сталкивается с необходимостью быстро учиться и совершенствоваться, чтобы справиться с испытаниями. Основной конфликт связан с борьбой человека против внешней угрозы и внутренними сложностями становления мастера, которые проявляются через дуэли и тренировки. Хаято вынужден принимать решения, влияющие на его дальнейший путь и отношения с другими персонажами. Сюжет фокусируется на его развитии в условиях постоянного давления и вызовов в современной военной академии, что отражает жанровую смесь меха, романтики и фантастики.