Таинственный Меч Мага развивается в мире, где после длительной войны между людьми и дикарями наступил период мира. В этом фэнтезийном мире существует магическая церемония Пробуждения Классового оружия, которую обязаны пройти все молодые маги. На окраине Королевства Воды был найден мальчик с белоснежными волосами и кровью божественного боевого короля. Этот мальчик — Уиттакер — стал центральной фигурой истории, так как пробудил сразу два оружия во время церемонии, что является необычным событием.

Начинается повествование с того, что Уиттакер берётся за выполнение различных заданий и постепенно набирает силу. В процессе он обнаруживает в себе скрытую возможность — таинственный дух, покоящийся в особом артефакте, Кулоне Ночи, который принадлежал его родителям. Пробуждение духа становится поворотным моментом, который запускает новый этап его путешествия....