В Марвел с ниндзюцу рассказывает о главном герое, который по каким-то обстоятельствам оказывается в мире Марвел, но с необычным дополнением — он обладает особой суперсилой, основанной на принципах мира Наруто. Эта сила включает в себя элементы чакры и способности ниндзя, а также мощь особых глаз, что придаёт персонажу уникальные возможности. Действие происходит в Альтернативной Земле-199999, которая во многом похожа на известную киновселенную Марвел, сохраняя в себе привычные элементы: Людей Икс, Доктора Дума и Фантастическую четверку, а также другие классические комиксовые атрибуты, но дополненная новым сверхъестественным аспектом. В этом мире главный герой сталкивается с необходимостью использовать свои навыки и способности, чтобы адаптироваться к непростой реальности, где сочетаются привычные и новые силы. Его положение осложняется тем, что несмотря на наличие мощных возможностей, существуют ограничения, например, отсутствие хвостатых зверей и призывов, которые известны из оригинального мира Наруто.

Развитие сюжета начинается с попадания героя в этот мир и его попыток освоить новые способности и место среди знакомых и незнакомых персонажей Марвел. Важной задачей становится обучение управлению силой и преодоление угроз, исходящих от тех, кто использует сверхъестественные способности во вред. Конфликты возникают из-за противостояния между различными силами в этом мире, а главному герою приходится искать способы сохранить собственную жизнь и защитить тех, кто ему дорог. Его решения связаны с выбором методов борьбы и взаимодействия с окружающими, что влияет на ход событий и положение дел в этом альтернативном мире. Сюжет подчеркивает вопросы силы, контроля и ответственности, а развитие главного героя отражает борьбу за место в пространстве, где пересекаются элементы боевых искусств, приключений и романтических отношений, построенных на фоне сверхъестественного и фантастического окружения.