Персонаж сознательно сдается морскому дозору, чтобы попасть в Импел Даун, и проводит там определённое время. Его задача связана с поиском способа выбраться из тюрьмы и проникнуть в Святую Землю Мари Джоа, куда попасть очень трудно. Для этого он изучает систему рабства и работает с работорговцами, намереваясь продать себя Небесным Драконам, чтобы получить доступ туда. На этом пути герой сталкивается с опасными врагами, необходимостью маскировать свою личность и сложными моральными выборами.

Основной конфликт разворачивается вокруг борьбы за выживание в одном из самых опасных мест мира, а также попыток реализации необычной стратегии, основанной на использовании игровых возможностей системы. Герою приходиться решать, как применить полученные силы и знания, чтобы преодолеть препятствия и добиться своей цели. Его действия приводят к серии столкновений с охраной тюрьмы, работе с союзниками и поиску способов обойти жесткие ограничения Импел Дауна и Мирового правительства.

Сюжет концентрируется на испытаниях персонажа, его стратегии побега и последующих действиях в мире пиратов и политических интриг, связанных с Золотым Веком пиратов и таинственной Святой Землей. При этом центральное место занимает взаимодействие героя с системой, предоставляющей уникальные умения и задания, что формирует основу развития как внутреннего, так и внешнего конфликта.