Ван Пис - Второе дыхание! рассказывает о приключениях команды пиратов, в центре внимания которых находятся Луффи и Зоро. Они просыпаются в разных частях региона Ист-Блю, сосредоточенные на общей цели — защитить свой экипаж. Следуя приказу капитана, они полны решимости не допустить ошибок, которые могли бы поставить под угрозу их безопасность. По мере развития событий постепенно раскрываются фрагменты прошлого, связывающего этих двух товарищей, что вызывает вопросы и догадки у остальных членов команды.

Главные герои сталкиваются с внешними опасностями и внутренними переживаниями, пытаясь сохранить единство экипажа и выполнить возложенную на них задачу. Постоянные испытания проверяют их боевые навыки, моральные установки и умение принимать трудные решения, в то время как окружающий их мир наполнен элементами комедии, романтики и фантастики. Конфликты, возникающие на пути, как внутренние, так и внешние, заставляют героев переосмысливать свои мотивации и роли в команде. Напряжённая атмосфера постепенно сменяется осознанием, что за их решимостью скрываются тайны, требующие разрешения. Так развивается сюжет в рамках жанров боевика, боевых искусств, приключений и сёнэна, предоставляя читателям возможность проследить за тем, как Луффи и Зоро борются за защиту своего экипажа и выясняют правду о своём прошлом.