Главное событие, которое запускает расследование, — смерть одного из членов секты при необычных обстоятельствах. Тело найдено в запертой изнутри комнате, а ключ лежит рядом с телом. Для Ририко и её начальника Оотои задача становится выяснить, каким образом могло произойти убийство в месте, где никто, кажется, не мог попасть ни внутрь, ни выйти наружу.

В ходе расследования герои сталкиваются с тайнами секты, а также с противоречиями между верой обитателей общины и реальностью происходящего. Они пытаются понять, что именно произошло в последний день жизни убитого, и кто мог быть причастен к преступлению. Особое внимание уделяется правдивости свидетельств, манипуляциям и попыткам сохранить имидж секты.

Помимо основных событий, книга затрагивает вопросы отношения полиции и детективов к расследованиям, роли внимания к деталям и умения видеть скрытые мотивы. Героям приходится принимать решения, разбираясь не только в логических связях, но и в человеческих отношениях внутри группы. Поиск объяснений ведет к сложным моральным и социальным дилеммам.

В итоге «Бог в запертой комнате» концентрирует внимание на расследовании невозможного с точки зрения логики убийства в замкнутом пространстве, а также на конфликте между верой и доказательствами. Герои стремятся раскрыть правду, несмотря на ограничения, связанные с особенностями ситуации и убеждениями участников события. Тема выбора между иллюзией и реальностью становится 중심ом развития сюжета.