Данганронпа/Начало Кадзутака Кодака рассказывает о молодой девушке Рёко Отонаси, которая страдает амнезией и теряет воспоминания из-за психического расстройства. В процессе регулярного лечения ей приходится сталкиваться с ухудшением памяти, что сильно влияет на её восприятие мира и самого себя. Рядом с ней находится Ясукэ Мацуда, известный как Абсолютный Невролог, который играет важную роль в её жизни и лечении. Также в повествовании упоминается роль Абсолютного Аналитика, способного предсказывать поведение и принимать решения на основе анализа данных. Главная задача Рёко — разобраться в своей памяти и понять собственную ситуацию, несмотря на постоянную угрозу потери воспоминаний.

В центре сюжета оказывается ситуация, когда ей приходится принимать решения и действовать в условиях ограниченной информации о себе и окружающих. Взаимодействие с Мацудой и попытки восстановить или сохранить память запускают определённые конфликты и препятствия, требующие от героев осознанного выбора и усилий. Развитие событий связано с попытками Рёко справиться с последствиями лечения, адаптироваться к изменяющейся реальности и столкнуться с внутренними противоречиями, которые возникают из-за потери памяти. Сюжет строится вокруг эмоционального и интеллектуального напряжения, возникающего у главных персонажей под влиянием внешних и внутренних факторов, что отражает основные проблемы и вызовы, с которыми они сталкиваются.