Девочка и цунами повествует о жизни пятнадцатилетней Юки Хара Джонс и ее дедушки Дзиро, которые оказываются в центре сильнейшего землетрясения и последующего цунами в истории Японии. Эти события резко меняют их привычное существование и становятся отправной точкой для сложного пути девочки. Юки предстоит справиться не только с физическими последствиями катастрофы, но и с внутренними переживаниями, которые отделяют простое выживание от полноценной жизни. Главная героиня возвращается к своему увлечению — созданию комикса с персонажем по имени Мальчик-Волна, что помогает ей найти новые силы.

Вместе с другом детства Таки ей предстоит отправиться в район, пострадавший от бедствия, чтобы осмыслить произошедшее и обрести цель в жизни заново. В центре рассказа — преодоление тяжелых испытаний, осознание важности поддержки близких и поиск своего места в мире после пережитых потрясений. Конфликты разворачиваются вокруг необходимости принимать трудные решения, справляться с последствиями трагедии и строить свою жизнь заново. В итоге, сюжет сосредоточен на внутренних изменениях Юки и её стремлении перейти от состояния выживания к жизни с новым смыслом и надеждой.