Мысль Леонид Николаевич Андреев разворачивается вокруг доктора медицины Антона Игнатьевича Керженцева, который совершил убийство. Главный герой оказывается в сложной жизненной ситуации: его поступок вызывает подозрения в психическом состоянии, и он помещается под наблюдение в психиатрическую больницу. В ходе рассказа раскрываются обстоятельства преступления и внутренние переживания доктора, что становится основой для судебной экспертизы. События развиваются через анализ личности Керженцева, его отношения с окружающим миром и внутренние конфликты.

Основным противоречием становится борьба между личными идеалами героя и оценкой общества и медицины, которое пытается определить его состояние и мотивы. В центре сюжета — сложный выбор между признанием своей вины и возможностью избежать наказания, а также размышления о природе человеческой мысли и внутренней свободы. Развитие событий заканчивается неопределённым судебным исходом, оставляющим открытыми вопросы о грани между гением и безумием, моралью и преступлением.