«Песнь одиноких китов на частоте 52 Гц» Соноко Матида — это драма с психологическим уклоном, в центре которой находится молодая женщина по имени Кико. Она переезжает в небольшой приморский городок и устраивается в давно пустовавший дом. Кико нигде не работает, на животе у нее шрам, и местные жители начинают подозревать, не сбежала ли она из Токио, связанная с якудза. Главная героиня переживает утрату близкого друга и пытается справиться с душевной болью и одиночеством.

Сюжет развивается на фоне внутреннего конфликта Кико. Её одиночество и недостаток общения становятся причиной того, что она слушает ночью через наушники голос пятидесятидвухгерцевого кита — животного, известного как самое одинокое создание в мире. Этот звук для неё символизирует взаимопонимание, которое она не смогла получить от самого важного человека в своей жизни. С помощью этой связи она ищет поддержку и надеется не пропустить знаков от других одиноких людей, которые, как и она, ищут понимания....