Тайный шифр художника рассказывает о молодом сотруднике архива по имени Феофан. Его задача — найти сведения о нескольких людях. В процессе работы он оказывается втянут в опасную ситуацию, когда выясняется, что кто-то ищет и убивает бывших заключенных, которые когда-то сидели в одной камере с художником Зеленцовым, приобретшим посмертную известность. Столкнувшись с этим, Феофан начинает исследование, пытаясь выяснить причины происходящего и обнаружить связи между жертвами.

Главный герой оказывается в ситуации постоянной угрозы, поскольку расследование касается людей с темным прошлым, а те, кто охотится за ними, не гнушаются применять насилие. Феофан сталкивается с необходимостью действовать осторожно, он рискует собственной безопасностью. Кроме того, его внимание привлекает загадка, связанная с татуировками — именно её он пытается разгадать, что усложняет его положение....