Мобильный доспех Гандам SEED Фридом: Лунная Валькирия повествует о взаимоотношениях между тремя главными персонажами — Агнес, Лунамарией и Шином — в преддверии событий основного фильма. Действие разворачивается в космической крепости, где молодые пилоты проходят подготовку и сталкиваются с личными и профессиональными трудностями. Агнес — уверенная, амбициозная девушка, которая относится к окружающим с чувством превосходства и стремится к успеху в качестве пилота. Лунамария проявляет решимость и старается совмещать личные отношения с тренировками, а Шин, хотя и испытывает проблемы с навыками пилотирования и теорией, полон упорства и желания доказать себя.

Сюжет строится вокруг внутренних конфликтов и сложных ситуаций, связанных с обучением, командной работой и отношениями между героями. Отношениями управляют не только профессиональные амбиции, но и личные чувства, включая романтические связи и напряжённость, возникающую из-за разногласий и конкуренции. Агнес часто проявляет нетерпимость к слабостям других, что приводит к конфликтам с Шином. Между героями развиваются как сотрудничество, так и соперничество, а также вопросы доверия и предательства....