MiSide: Дневник будущего рассказывает о Маркусе, который оказался в игровом мире и столкнулся с безумной Митой. После многократных прохождений игры он выяснил, что ни один из трёх известных финалов не приносил спасения — Маркус неизменно становился игрушкой в руках Миты, что делало его положение безнадёжным. Главный герой осознал, что единственный путь в этом мире ведёт к смерти. В его распоряжении оказался телефон, переместившийся вместе с ним из реального мира, который показывал дневник будущего. В этом дневнике были записаны события, касающиеся как Маркуса, так и Миты и других персонажей.

Благодаря этим записям Маркус получил важную информацию о предстоящих опасностях и намерениях Миты, которая, заметив его страх и попытки уйти, решалась убить его, чтобы сохранить его рядом. Получая новые сведения из дневника, он пришёл к выводу, что должен отказаться от прежних попыток и остаться с самого начала. Ситуация требует от Маркуса пройти игру лишь с одной жизнью, не совершая ошибок, чтобы иметь шанс изменить судьбу и избежать верной смерти. Этот выбор становится отправной точкой для развития сюжета, в котором он пытается найти способ противостоять угрозам и переписать своё будущее.