Магическая академия Атараксия: Гибрид x Сердце повествует о Хиде Кидзуне, который приезжает в Академию Стратегической Обороны Атараксию по просьбе своей старшей сестры. Там он встречает Тидоригафути Айнэ, девушку, обладающую магическим доспехом «Зерос». Во время первой встречи Айнэ внезапно начинает раздеваться перед Кидзуной, вызывая у него смущение и вызывая острые реплики с её стороны. В это время сестра Кидзуны сообщает о начале важной миссии, в рамках которой ему предстоит выполнить необычную задачу — помочь улучшить Айнэ посредством непристойных действий. Эта способность Кидзуны становится ключевым фактором, влияющим на исход войны с пришельцами из иного мира.

Главный герой оказывается в ситуации, где его необычные умения оказываются необходимыми для обеспечения стратегии и защиты людства. В процессе взаимодействия с другими персонажами и выполнения заданий Кидзуна сталкивается с внутренними и внешними конфликтами, связанными с природой своей силой и моральными аспектами её применения. Сюжет развивается на фоне военных действий и напряжённой обстановки, где успех зависит от совместных усилий и взаимопонимания между людьми, использующими магические технологии и необычные способности. Центральной проблемой становится баланс между личными чувствами, командными задачами и необходимостью противостоять угрозе, грозящей всему человечеству.