Главный герой, вместо того чтобы осудить или отвернуться, принимает решение понять сестру и сохранить её тайну. В ответ на это Кирино предлагает ему вместе пройтись по миру эротических игр — только так брат сможет проникнуться её увлечениями и наладить сближение. Таким образом, развивается основной конфликт произведения: внутреннее столкновение между устоявшимися семейными отношениями и неожиданно обнажившимися интересами, а также между желанием разгадать тайны близкого человека и необходимостью сохранить доверие.

Драматический элемент проявляется в пробуждающихся чувствах непонимания и отчуждения между Кирино и Кёсукэ, а комедийные ситуации возникают из столкновения двух миров — реального и отаку, традиционного и современного, старшего брата и младшей сестры. Главный герой оказывается в новой для себя роли, пытаясь справиться с задачей сохранить уважение и любовь в семье, погружаясь в специфическую культуру аниме, игр и косплея, которой раньше не был знаком.

Главная интрига связана с тем, сможет ли Кёсукэ выдержать подобное погружение и пройти испытание принятием необычного хобби сестры, что откроет двери к восстановлению их отношений. Произведение предлагает читателю задуматься о сложностях взаимопонимания в семье, а также о том, как важно принимать близких такими, какие они есть, несмотря на различия во вкусах и увлечениях.

В итоге, «Ну не может моя сестрёнка быть такой милой» представляет собой живой и непринуждённый взгляд на семейные отношения и внутренние переживания подростков, преподнося их через призму повседневных ситуаций с долей юмора и лёгкой иронии, характерными для драмы и комедии.