Полюбишь ли ты извращенку, если она милая? Томо Ханама — это история о старшекласснике Кэйки Кирю, который поддерживает дружеские отношения с четырьмя девушками: Саюки Токихарой, председательницей клуба каллиграфии, Юикой Когой, частично англичанкой, одноклассницей Мао Нандзё и своей младшей сестрой Мидзухой. Жизнь главного героя меняется после того, как он находит в клубном зале необъяснимое письмо, адресованное лично ему. Вместе с запиской обнаружены новые трусы, что становится загадкой, требующей разгадки.

Волнение и интерес Кэйки заставляют его искать, кто мог оставить такое послание. Это событие становится отправной точкой для развития сюжета, в ходе которого герой пытается понять, кто его тайная поклонница и как сложатся отношения с окружающими его девушками. В процессе приходится решать вопросы доверия и близости, исследовать свои чувства и взаимодействовать с друзьями. Основным конфликтом выступает неопределённость и необходимость разобраться в своих эмоциях и отношениях, что формирует сюжетную линию произведения.