Злодейке три с половиной года — это история, объединяющая элементы драмы, комедии, сёдзё, фантастики, фэнтези и школьной жизни. Главной героиней является Е Я — маленький росток клана растений, которой недавно исполнилось сто лет. Чтобы спасти свою семью, она переселяется в тело злодейки из романа. Однако это тело принадлежало девочке трех с половиной лет, и теперь Е Я должна выполнить миссию, поставленную системой: жестко подавлять главного героя произведения, лишать его ресурсов и в конечном счете нанести смертельный удар в самый уязвимый момент.

Несмотря на осознание задачи, Е Я сталкивается с трудностями, так как не понимает, что значит быть жестокой и безжалостной. Ее невинный и мягкий характер порождает конфликты с системой, которая разочарована и подавлена ее детским вопросом. Попытки Е Я следовать заданной миссии не приводят к ожидаемому результату, а прогресс на панели задач идет в обратную сторону. Система даже удивляется, что характер девочки не проявляет жесткости ее матери — раффлезии, известной своей злобой, так как отец Е Я — четырехлистный клевер, что объясняет ее добрую и мягкую натуру....